Национальный центр охраны материнства и детства ведет свое начало с августа 1961 года, он был открыт в соответствии со специальным Постановлением ЦК Компартии и Совета Министров Киргизской ССР «О создании материально-технической базы больнично-поликлинических учреждений, родильных домов и детских больниц» (№257-5/2-Б от 13.04.1960 г.).
В 1974 году институт был переименован в Киргизский научно-исследовательский институт акушерства и педиатрии (Постановление Совета Министров республики №559 от 25.12.1974 г.), в статусе которого его деятельность продолжалась до 2004 года.
В апреле 2004 года в рамках реструктуризации стационарных учреждений здравоохранения был создан Национальный центр педиатрии и детской хирургии, при этом был объединен научный и кадровый потенциал двух крупнейших медицинских подразделений республики – НИИАиП и РДКБ. Акушерский отдел был передан в состав Национального Госпиталя.
Нынешний статус Национального центра охраны материнства и детства утвержден Постановлением Правительства №501 от 23 октября 2007 года и последующим приказом Министерства здравоохранения КР №378 от 31 октября 2007 года, при этом проблемы акушерства были вновь введены в состав единого для материнства и детства Центра.
С самого начала организации Центра на него были возложены функции головного учреждения по проблемам охраны материнства и детства в Республике. За прошедшие годы Центр превратился в один из крупных научно-исследовательских, организационно-методических и лечебно-консультативных учреждений Республики, получавших признание в своё время в бывшем СССР, а сегодня – в большинстве стран СНГ, с которыми поддерживает тесные творческие связи.